La présidence de la SGPSO est assurée en alternance tous les deux ans par la présidente ou le président des Régions Occitanie / Pyrénées-Méditerranée et Nouvelle-Aquitaine. Carole Delga a été la première présidente, élue le 4 juillet 2022. Alain Rousset lui a succédé le 17 juin 2024.
Le Conseil de Surveillance de la SGPSO est l’organe principal de gouvernance, défini par l’Ordonnance du 2 mars 2022 et le Décret en Conseil d’État du 22 avril 2022.
Le Conseil de surveillance délibère sur les grandes orientations stratégiques de l’établissement public et exerce en outre le contrôle permanent de sa gestion.
Il est composé des représentants des 24 collectivités territoriales et des groupements de collectivités territoriales signataires le 18 février 2022 du plan de financement du GPSO entre l’État, les collectivités territoriales et leurs groupements intéressés et SNCF Réseau.
Le comité de pilotage est coprésidé par l’État et les deux Régions
La SGPSO participe à une instance dénommée « comité de pilotage », prévue par l’article 1er de l’Ordonnance du 2 mars 2022, coprésidée par le préfet de la région Occitanie, par la présidente de la Région Occitanie et par le président de la Région Nouvelle-Aquitaine, qui associe les personnes morales finançant la Ligne Nouvelle du Sud-Ouest. Il réunit les parties prenantes notamment les collectivités de la SGPSO, SNCF Réseau, SNCF Gares & Connexions, ainsi que les services de l'Etat et l'Europe, par le biais du coordinateur du Corridor Atlantique du réseau transeuropéen en tant que membre du Conseil de surveillance de la SGPSO.
Ce comité a pour objet d’associer l’État, la SGPSO et les collectivités qui financent la Ligne Nouvelle tout en préservant la capacité d’action des maîtres d’ouvrage à la conduite du projet dans les conditions de coûts et de délais prévus par les parties prenantes. En d’autres termes, il est le lieu de gouvernance des acteurs majeurs du projet, ses promoteurs et financeurs comme ses réalisateurs, afin qu’il soit parfaitement concrétisé.
Le Directoire comprend trois membres nommés par le conseil de surveillance pour 5 ans. Il propose au conseil de surveillance les orientations générales de la stratégie et de la politique de l’établissement, prépare les délibérations du conseil de surveillance et s’assure de leur exécution, définit l’organisation et les règles de fonctionnement de l’établissement public.
Trois commissions formulent des avis techniques relatifs aux opérations soumises à l’approbation du Conseil de Surveillance : une commission d’ingénierie financière ; une commission des contrats, traitant des sujets en lien avec la passation des marchés nécessaires à son fonctionnement et à l’exercice de ses missions ainsi que les accords transactionnels s’y rapportant ; une commission des Gares nouvelles.
Un Bureau est composé par les six collectivités principales financeurs du projet, en l’occurrence les Régions Nouvelle-Aquitaine et Occitanie, les Métropoles de Bordeaux et Toulouse, les Départements de la Haute-Garonne et des Landes. Animé par la SGPSO, il participe à la préparation des décisions du Conseil de Surveillance et à leur suivi.
Les comités territoriaux de suivi sont les instances locales de dialogue.
Ils sont l’occasion d’associer les élus, les acteurs socio-professionnels et les associations afin de les informer de l’avancement du GPSO et de poursuivre la concertation selon le calendrier des opérations, pour accompagner la mise au point finale du projet.
Ils permettent également d'assurer le suivi et le respect, par les maîtres d'ouvrage, des mesures inscrites dans le dossier des engagements de l'État, et aussi d'assurer le suivi des mesures compensatoires environnementales qui seront définies dans la décision d'autorisation environnementale du projet.